GPU を活用したゲノム配列解析ソフトウェアが、新型コロナウイルスへの理解を加速

危機に直面し、人々が自分達でできる支援をしています。現在のパンデミックに対応するため、NVIDIA は新型コロナウイルスへの理解を早め、対策を立案するためのツールを研究者と共有します。

NVIDIA は、新型コロナウイルスと戦っている世界中の研究者に対して、NVIDIAのゲノムデータ解析ソフトウェア Parabricks の 90 日間無償ライセンスを提供いたします。定評ある Genome Analysis Toolkit をベースとする Parabricks は、GPU の活用によって、ゲノム配列データの解析を 50 倍以上の速さに加速します。

NVIDIA では、このパンデミックはさらに広がるという認識を持っており、そのために、状況の監視を続け、必要に応じて支援を拡大する予定です。

NVIDIA GPUをお持ちの場合、こちらフォームに記入し、Parabricks のライセンスをご請求ください。

Oxford Nanopore のロングリード データを使って研究を行っている研究者は、GPU で高速化するツールのリポジトリが GitHub で利用できます。さらに、Medaka や Racon、Raven、Reticulatus、Unicycler といったアプリケーションは、すでに NVIDIA GPU アクセラレーションに対応しています。

研究者は、新型コロナウイルスと COVID-19 に感染した人々のゲノムの両方の配列を解析することで、疾病の広がりや感染しやすい人などを把握できるようになります。しかし、ゲノム配列の解析には時間がかかり、かなりの演算能力が必要となります。

科学を加速させることは、つねに NVIDIA の重要なミッションの 1 つです。昨年 12 月には、Parabricks チームが NVIDIA に加入し、このゲノム配列解析のための最新のツールを提供しています。これにより、1 台のサーバーでのヒトゲノム全体での変異の検出にかかる時間が、数日から 1 時間未満へと削減できるようになりました。

パンデミックが前例のない速度で拡大しているなか、数日ではなく、数時間で結果が得られるようになれば、ウイルスの進化についての理解およびワクチンの開発にきわめて大きな効果をもたらすでしょう。

NVIDIA は、パートナーに研究コミュニティを支援するためのこの緊急の取り組みへの協力を依頼しています。演算リソースを提供し、それぞれのプラットフォームで Parabricks にアクセスできるようにするために、クラウドサービス プロバイダーやスーパーコンピューティング センターとの議論を進めています。

今後も、クラウドでの NVIDIA GPU とソフトウェアの提供を可能する協力先の最新情報をブログでお伝えします。

参考情報：

• Parabricks についてのドキュメント
• 高速ゲノム マッピングについてのホワイトペーパー